W I półroczu 2016 roku urzędy skarbowe przeprowadziły 17,1 tys. kontroli podatkowych. To sporo mniej niż w I połowie ubiegłego roku, kiedy takich kontroli było 25,5 tys. Ale mniej oznacza skuteczniej, bo wartość ustaleń poczynionych przez urzędników fiskusa w trakcie tegorocznych kontroli była wyższa niż tych z I połowie 2015 r.

Fiskus może sprawdzić, czy dana deklaracja podatkowa jest formalnie poprawna lub czy została złożona w terminie – służą do tego tzw. czynności sprawdzające.

Przedsiębiorcy są teoretycznie chronieni przed przeciągającą się kontrolą podatkową. W praktyce jednak jest wiele okoliczności, które pozwalają na przedłużenie ustawowych limitów. Wystarczy, że przedsiębiorca wykazał VAT do zwrotu. Pewna ulgę może przynieść przedsiębiorcy ustanowienie pełnomocnika ds. kontroli.

Urząd skarbowy właściwy w sprawie rozliczenia danego podatku w dniu wszczęcia kontroli podatkowej jest właściwy również w zakresie postępowania podatkowego, nawet jeśli w trakcie kontroli lub po jej zakończeniu nastąpiła zmiana siedziby podatnika. Jeśli podatnik nie zawiadomi fiskusa na czas o zmianie swojego adresu po przeprowadzonej kontroli podatkowej, organ pismo w sprawie postępowania podatkowego dostarczy na stary adres.

Pełnomocnictwo pozwala osobie trzeciej na reprezentowanie podatnika w trakcie prowadzonej kontroli podatkowej. Ustanowienie pełnomocnictwa może nastąpić zarówno na skutek złożenia  umocowania w formie pisemnej, jak również ustnego zgłoszenia do protokołu.

Podstawą dokumentacji kontroli podatkowej jest sporządzany protokół. W związku z tym, iż dokument ten stanowi dowód w ewentualnym dalszym postępowaniu, podatnik, który nie zgadza się z opisanymi w nim spostrzeżeniami, ma prawo zgłosić swoje zastrzeżenia do protokołu z kontroli podatkowej.

Przeglądanie ksiąg rachunkowych, weryfikacja majątku firmy, oddzielny pokój w biurze przedsiębiorcy - między innymi takie uprawniania mają kontrolerzy z urzędu skarbowego. W przypadku podejrzenia popełnienia przestępstwa skarbowego mogą zatrzymać dokumentację. Jeśli przedsiębiorca będzie utrudniał im pracę, mogą wezwać policję.

Przed kontrolą podatkową podatnik powinien otrzymać zawiadomienie ale są pewne wyjątki, np. prowadzone postępowanie karne. Po otrzymaniu zawiadomienia trzeba się liczyć z tym, że kontrolujący odwiedzą firmę nie wcześniej niż 7. dnia i nie później niż 30. dnia od otrzymania zawiadomienia, a gdy przyjdą okażą upoważnienie i legitymację służbową.